开题报告内容:(包括拟研究或解决的问题、采用的研究手段及文献综述,不少于2000字)
拟研究的问题:
CRISPR/Cas9系统作为一种高效易用的可编程基因组编辑工具的最新发展,使基础科学研究发生了革命性的变化。基于CRISPR/Cas9系统的进行基因编辑的技术为研究人员提供了新的强大工具,可以使研究人员更加快速准确地构建需要的动物模型或细胞株。RNA甲基化是表观转录组学中的重要内容,一旦参与m6A修饰的酶出现异常将会引起一系列疾病,包括肿瘤、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。故利用CRISPR/Cas9系统构建稳定敲除ALKBH家族去甲基化酶的细胞株,可以为研究RNA修饰去甲基化酶的功能奠定基础。本课题通过阅读文献,深入了解CRISPR/Cas9系统的作用原理和实验流程,完成实验设计,构建稳定敲除ALKBH家族去甲基化酶的细胞株。
实验主要内容:
1) 构建基于CRISPR/Cas9系统的ALKBH敲除质粒。
2) 包装用于ALKBH敲除的病毒颗粒,构建及筛选ALKBH敲除细胞株。
3) 数据整理,论文撰写。
研究手段:
1 sgRNA的设计和寡核苷酸链合成
利用网络工具(http://crispr.mit.edu)设计ALKBH的sgRNA,针对ALKBH3基因作用的功能域, 分别设计了两个靶向ALKBH3基因的Exon( 5rsquo;AAGATGTTCCCTGGAAACAG3rsquo;)和Exon10( 5rsquo;ATGATGAACCCTCACTAGGG3rsquo;)的sgRNA在正义链和反义链的5rsquo; 端添加限制性内切酶的粘性末端。并根据靶点位置设计CRISPR鉴定引物。
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