一、研究背景:化学交联质谱(Cross-linking mass spectrometry,CLMS)通过将蛋白质或蛋白复合物中空间接近的两个氨基酸侧链通过共价键连接起来,一定距离内具有相互作用的蛋白质及其复合物进行化学交联,酶切成肽段后利用质谱检测鉴定交联位点,从而获取低分辨率结构信息,来描绘相互作用的网络,是蛋白-蛋白相互作用结构解析的强有力技术。
现有交联试剂多靶向含有胺基、羧基、巯基类官能团的氨基酸进行反应。
在前期研究中,发现铂类化合物(例如顺铂)具有成为蛋白质交联剂的潜质[1]。
与普通交联剂相比,它可以针对较少靶向的His和Met氨基酸侧链,同时具有携带电荷、能够特征性识别同位素和提高串联质谱数据质量等优势。
新型交联试剂的开发及完善将推动结构生物学的发展。
二、研究内容本课题将以蛋白复合物glycogen phosphorylase a (GPa)和glycogen phosphorylase b (GPb)为体系,主要考察顺铂及反铂做为交联试剂获取交联信息的丰富程度以及是否可以区分结构高度类似蛋白复合物的结构差异,为推广铂类交联试剂的应用奠定依据。
三、研究手段1.材料准备:购买化合物及化学试剂等,采用标准方法合成并表征顺铂及反铂购自Sigma。
2.进行交联实验:将顺铂/反铂与实验材料蛋白质在一定摩尔比例条件下混合,、孵育并裂解进行酶切。
3.数据的获取和处理:将实验产物酶切后肽段利用质谱液质联用仪LC-MS等仪器进行分析,利用软件采集数据并进行并对数据进行处理。
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