一、课题的研究背景、意义和目的
大多数真核生物的基因组转录后产生复杂的转录产物，但其中只有很少一部分约2% 具有蛋白编码能力，其余98%为不具蛋白编码能力的非编码RNA。长链非编码RNA（Long Non-coding RNA）是一类定位于细胞核或细胞质中，转录本长度大于200nt，没有长阅读框架、但通常具有mRNA结构特征的RNA。lncRNA往往表达水平比较低，曾被认为是转录过程中产生的“噪声”，不具有生物学功能。
但是，随着研究的深入，发现RNA不仅只承担遗传信息中间载体的辅助性角色，同时也承担了各种调控功能。lncRNA在发育和基因表达中发挥的复杂精确的调控功能极大地解释了基因组复杂性之难题，同时也为人们从基因表达调控网络的维度来认识生命体的复杂性开启新的天地。lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记、染色质修饰以及核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA定性定量研究中多使用微阵列、RNAseq、qRT-PCR、Northern blot、荧光原位杂交等技术，而lncRNA的功能研究中多使用RNAi和RIP技术。微阵列和RNA-seq是高通量检测lncRNA表达情况的有效工具。可以利用微阵列进行了lncRNA 表达谱分析, 从而探究某些lncRNA 与疾病发生的联系。目前，RIP技术得到了新的发展。例如，RIP与微阵列结合形成的RIP-Chip技术，RIP与RNA-seq结合,形成的RIP-seq技术。这些方法的联合应用在揭示lncRNA的生物学功能方面发挥了更有利的作用。
本课题通过芯片技术比较实验性变态反应性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型组和正常对照组之间lncRNA及mRNA的差异表达，通过mRNA与lncRNA共表达分析（CNC），从中挑选出与人类多发性硬化症（MS）或Th17细胞相关的lncRNAs，为lncRNA在MS及Th17细胞中的深入研究奠定基础。
二、课题研究的主要内容
1.基于CNC分析的差异lncRNA的初筛
1.1.免疫相关的差异mRNAs的筛选
1.2基于相关系数的差异mRNAs和lncRNAs的共表达分析
三、研究难点
1. 目前对于lncRNAs研究有限，lncRNA信息目前还缺乏足够的数据库注释，基于生物信息学的lncRNA的筛选不够准确，对研究者来说还存在很大的困难。
