基因组提取试剂盒标准化研究前言随着分子生物学的不断发展,基因组DNA的提取已成为生物学微观领域的基本技术手段之一。
现阶段疾病的溯源和传染病诊治的快速方法是高通量测序技术[[[] Van den Brand J M,Schapendonk C M, etal. Metagenomic analysis of the viral flora of pine marrtern and European badger feces[J] .JVirol, 2012,86(4):2360-2365]]。
随着DNA测序技术的不断的发展与进步,高通量测序技术凭借其通量大、成本低和耗时短的优势,广泛应用于环境中微生物的检测和个性化用药中[[[2] Kingsmore S F, Saunders C J. Deep sequencing of patient genomes for disease diagnosis: when will it become routine[J]. Sci Transl Med2011,3(87):87ps23-87ps23.]]。
但是在实际应用调查结果显示[[[3] williamsJ G,Kubelik A R,Livak K J,eta1.DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers[J].Nucleic Acids Res,1990,18(22):653l一6535.]],数据分析、样本制备是高通量测序的巨大挑战,而样本制备环节便是DNA提取,如何获得高质量的DNA对测序结果的好坏至关重要。
提取高质量的DNA是高通量测序中文库构建的重要前提,保证文库的质量,才能得到更多的数据,尽可能获得样本内基因组的全序,从而探索它的生物特性与功能。
这就对DNA的提取提出了更高要求,不仅要求DNA浓度高,还要保证DNA片段的完整性,同时避免蛋白质污染。
综合国内外文献,细菌DNA提取大致可分为5种方法,传统DNA抽提法(酚-氯仿法)、加热煮沸法、Chelex-100抽提法、改良DNA抽提法和试剂盒抽提法。
[[[4] Tan S C, Yiap B C. DNA, past and the present[J]. J 574398. RNA, and protein extraction: the Biomed Biotechnol, 2009,2009:574398.]]在以上方法中,试剂盒抽提法最为理想,操作简便,试剂毒性小,提取效率和产量相对较高,质量稳定,容易标准化,且有针对不同样品的试剂盒,技术成熟。
[[[5] 程实,刘文丽,舒鹏,米志强,安小平,童贻刚.难提取细菌基因组DNA提取方法的比较与优化.生物科技通讯.2016:412~415]]1、DNA提取方法概述综合国内外文献.大致将细菌基因组DNA提取方法分为以下5类:1)传统DNA抽提法(酚一氯仿法):先用SDS(十二烷基硫酸钠)溶解破坏细胞膜蛋白和细胞内蛋白,并沉淀蛋白质;然后用蛋白酶K水解消化蛋白质,特别是与DNA结合的组蛋白,使DNA得以释放:再用有机溶剂去除蛋白质和其他细胞组分;最后用乙醇沉淀核酸。
